Temné kobky Křivoklátu
Nástup Habsburků na český trůn znamenal pro hrad Křivoklát dobu úpadku. Jeho mocné zdi už nebyly příležitostným sídlem králů, byly však o to více využívány jako tvrdá věznice. Katoličtí králové ji využívali i pro trestání nekatolických knězů, doplatili na to i Jan Augusta a Jakub Bílek.
Disputace s králem
Jan Augusta byl horlivým a výmluvným kazatelem, autorem řady knih i duchovních písní. Nevyhýbal se vášnivým a často nevybíravým polemikám. Věnoval množství energie, aby dosáhl tolerance Ferdinanda I. Katolický král měl však naprosto opačný postoj. Po šmalkaldské válce roku 1547 byla Jednota bratrská královským výnosem zakázána a jejím členům nezbylo, než se připojit k jiným, dosud povoleným církvím. Jan Augusta byl spolu se svým pomocníkem, mladým knězem Jakubem Bílkem, zatčen. Po krátkém věznění a mučení v Praze byli oba bratři převezeni k těžkému žaláři na Křivoklát, kde strávili plných šestnáct let.
Mezi čtyřmi stěnami
Kněží sice měli těžké podmínky, ale vězení nebylo po celou dobu stejně tvrdé. Střídala se období naprosté izolace s obdobími, kdy mohli bratří sepisovat knihy a kdy měli alespoň omezený kontakt s Jednotou. Tvrdý žalář se poněkud zlehčil především poté, co vězně navštívila Filipína Welserová, manželka arcivévody Ferdinanda II. Tyrolského. V křivoklátském vězení tak vznikla díla, jako například učebnice praktické teologie „Umění díla Páně služebného“ či „Sumovník a smysl a úmysl Kristův jako vlastní svátosti večeře jeho“.
V roce 1561 požádal Augusta krále o milost. Byla mu dána šance, musel se však v disputaci utkat s jezuity a reprezentanty utrakvistů. Augusta si počínal velmi obezřetně – projevil souhlas s náboženskými praktikami obou církví, nesouhlasil však, že se Jednota připojí k utrakvistům. Propuštění nakonec dosáhl pouze Bílek, který přijal eucharistii z rukou utrakvistického kněze. Augusta toto odmítl, a tak byl propuštěn až po několikaletém nátlaku Jednoty.